Tiếp theo phần 1, sau khi T-virus phán tán và toàn bộ trụ sở chính của Umbrella ở Raccoon City phải đóng cửa. Những tưởng mọi chuyện sẽ kết thúc vì nhóm của Alice và Mark đã tắt hệ thống máy chủ và đem được vacxin khống chế T-virus ra ngoài. Sau sứ mệnh đó, chỉ có mỗi Alice và Mark sống sót trở về. Cô từng bị nhiễm T-virus nhưng đã tiên vacxin còn Mark, sau khi bị con quái vật cắn bị thương ở tay, anh được các bác sĩ của Umbrella đưa đi làm thí nghiệm. 13h sau khi thoát khỏi trụ sở, câu chuyện đã xảy ra…toàn bộ Raccoon city trở thành “thành phố chết” với từng đoàn người zombie càng lúc càng nhiều. Sinh mạng con người bị đe dọa. Thành phố bế quan đóng cửa tất cả mọi ngả đường. Nội bất xuất, ngoại bất nhập. Giờ đây, nhiệm vụ chính của tập đoàn Umbrella là tìm ra phương thức ngăn chặn sự phát sinh của zombie.
Bó tay trước việc lây lan và sự ảnh hưởng từ virus trong cơ thể con người sau khi bị cắn quá nhanh. Chủ tịch tập đoàn Raccoon quyết định trốn chạy, tung ra chương trình Nemesis nhằm tiêu diệt tận gốc zombie mà không cần đến giải pháp nguyên tử. Tất cả những nhà khoa học hàng đầu của Umbrella được đưa đến nơi an toàn và được yêu cầu rời khỏi Racoon, duy nhất bác sĩ Ashford – người đứng đầu chương trình nghiên cứu T-virus, cha đẻ của hệ thống máy chủ Hậu Đỏ, máy chủ điều khiển toàn bộ trụ sở dưới lòng đất – không muốn rời khỏi thành phố vì ông lo cho sinh mạng của đứa con gái của ông, cô bé Angela. Chính Angela là đứa bé trong mô hình 3D của Red Queen, hệ thống máy chủ mà 1 ngày trước đây, Alice vừa shutdown nó.
Bên cạnh đó, một nhóm cảnh sát và dân thường bị kẹt lại trong thành phố đang cố gắng chống chọi và tìm đường thoát thân. Về phần Alice sau khi ra khỏi phòng thí nghiệm, cô bất ngờ trước sự tan hoang của thành phố. Biết được chuyện gì đã xảy ra, cô hành động và vô tình nhập hội với những người đang sống sót.
Còn bác sĩ Ashford, vì lo lắng cho an nguy của cô con gái nên ông quyết định tìm đến sự giúp đỡ của những người đang bị kẹt trong city. Điều kiện là tìm và giải cứu con gái ông. Ông sẽ giúp đỡ họ sống sót và thoát khỏi thành phố chết…
Diễn tiến toàn bộ 2 phim chỉ vỏn vẹn xảy ra trong 3 ngày. Phần đầu là 2 ngày và phần 2 là 13h sau khi phần 1 kết thúc. Sự lây lan cực nhanh của T-virus và sự ảnh hưởng của nó trên cơ thể người bị cắn đã gây nên 1 nạn dịch bùng nổ (outbreak of virus). Chính vì thế, nếu như không ngăn chặn kịp thời, phương pháp duy nhất là tung ra Nemesis và sau đó là hủy diệt toàn bộ Raccoon.
2003-2023